Tüm ekzom dizileme (WES) nedir, hangi durumlarda yapılır?

Genler, ekzonlar ve ekzom nedir?

Vücudumuzdaki her hücrede, nasıl büyüyüp geliştiğimizi ve vücudumuzun nasıl çalıştığını belirleyen bir genetik bilgi bulunur. Bu bilgi DNA adı verilen bir molekülde, yapı taşlarının (nükleotitlerin) oluşturduğu uzun diziler hâlinde saklanır. Genlerin bazı bölümleri protein üretimi için gerekli tarifi taşır; bu bölümlere ekzon, kişideki tüm ekzonların toplamına da ekzom denir.

MedlinePlus Genetics'e göre:

• Ekzonlar, kişinin genomunun yaklaşık yüzde 1'ini oluşturur.
• Hastalığa yol açtığı bilinen değişikliklerin (mutasyonların) çoğu ekzonlarda bulunur.
• Bu nedenle ekzom dizileme, olası hastalık nedenlerini aramak için verimli bir yöntem olarak kabul edilir.

"Dizileme", DNA'yı oluşturan yapı taşlarının sırasının belirlenmesi anlamına gelir. MedlinePlus Genetics'e göre ekzom dizileme sayesinde yalnızca seçilmiş birkaç gende değil, herhangi bir genin protein kodlayan bölgesindeki farklılıklar (varyantlar) saptanabilir. Ardından bu farklılıkların incelenen hastalıkla ilişkili olup olmadığı değerlendirilir.

Ekzom dizileme ile genom dizileme arasındaki fark

MedlinePlus Genetics, tüm ekzom dizileme ve tüm genom dizilemeyi "yeni nesil dizileme" yöntemleri olarak tanımlar:

• Tüm ekzom dizileme (WES): Yalnızca protein üretimini kodlayan bölgeleri (ekzonları) okur.
• Tüm genom dizileme (WGS): Kişinin DNA'sındaki tüm yapı taşlarının sırasını belirler ve genomun herhangi bir bölümündeki farklılıkları saptayabilir. NHS, genom dizilemenin diğer genetik testlerden farklı olarak genetik malzemenin yalnızca bir bölümünü değil, tamamını aynı anda incelediğini belirtir.

MedlinePlus Genetics, genetik testleri kapsamlarına göre sıralarken tüm ekzom ve genom dizilemenin, kişinin DNA'sının büyük bölümünü inceleyen ve çoğunlukla diğer testlerle tanı konamadığında başvurulan yöntemler olduğunu belirtir. Daha dar kapsamlı testler ise bilinen tek bir değişikliği, tek bir geni ya da belirli bir hastalık grubuyla ilişkili birkaç geni (gen paneli) inceler.

MedlinePlus Genetics'e göre test seçilirken hekim, hangi hastalık ya da hastalıklardan şüphelenildiğini ve bu hastalıklarla genellikle ilişkili genetik değişiklikleri dikkate alır. Tanı belirsizse çok sayıda geni ya da kromozomu inceleyen bir test, belirli bir hastalıktan şüpheleniliyorsa daha odaklı bir test tercih edilebilir. Aynı kaynak, tüm ekzom ya da genom dizilemenin çoğu zaman birden fazla tek gen veya panel testi yapmaktan daha az maliyetli ve daha hızlı olduğunu belirtir.

Hangi durumlarda yapılır?

NHS, genetik ve genomik testlerin başlıca nadir, kalıtsal hastalıkların ve bazı kanserlerin tanısında kullanıldığını belirtir. NHS'e göre hekim şu durumlarda genetik test için yönlendirme yapabilir:

• Kişide genetik bir hastalıktan şüphelenildiğinde
• Ailede kalıtsal bir hastalık öyküsü bulunduğunda
• Yakın akrabalarda kalıtsal olabilecek belirli bir kanser türü görüldüğünde
• Kişide ya da eşinde çocuklarına geçebilecek bir sağlık sorunu bulunduğunda

NHS'e göre genetik test, bir çocuktaki nadir bir hastalığın tanısına yardımcı olabilir, hekimlerin hangi ilacı ya da tedaviyi vereceğine karar vermesine ve kişinin bir klinik araştırmaya katılıp katılamayacağının belirlenmesine yol gösterebilir. MedlinePlus Genetics'e göre ekzom dizileme özellikle tek gen ya da panel testleri tanı koyduramadığında veya şüphelenilen hastalık ya da genetik neden belirsiz olduğunda gündeme gelir. Bir kromozomun fazla ya da eksik kopyası, kromozomun büyük bir parçasının eklenmesi veya eksilmesi gibi büyük ölçekli değişiklikler için ise kromozom testleri kullanılır. Bkz. Kromozom analizi (karyotip)

Test öncesi: genetik danışmanlık ve onam

MedlinePlus Genetics'e göre genetik test öncesinde kişinin testin nasıl yapılacağını, yararlarını, sınırlılıklarını ve olası sonuçlarını anlaması gerekir; bu sürece aydınlatılmış onam denir. NHS de genetik danışmanların riskleri ve sonuçların aile üzerindeki etkilerini değerlendirmede yardımcı olduğunu belirtir.

Görüşmede sormak isteyebileceğiniz bazı sorular şunlardır: Bu test neden benim için uygun görülüyor? Sonuç neyi değiştirecek? Anne-babamdan da örnek gerekecek mi? Beklenmedik bulgular çıkarsa ne olacak? Sonuçlar ne zaman ve nasıl bildirilecek?

Ekzom dizilemede onam görüşmesi özellikle önemlidir; çünkü test çok sayıda geni incelediği için asıl aranan durumla ilgisi olmayan bulgular da ortaya çıkabilir. Ayrıntılı bilgi için Genetik danışmanlık yazısına bakabilirsiniz.

Test nasıl yapılır?

NHS'e göre genetik testler çoğunlukla kan ya da tükürük örneğiyle yapılır; kanserle ilgili testlerde tedavi sırasında alınmış tümör dokusu da kullanılabilir. Örnek, analiz için laboratuvara gönderilir.

• MedlinePlus Genetics'e göre genetik testler kan, saç, deri, amniyon sıvısı (gebelikte bebeği çevreleyen sıvı) ya da başka dokulardan alınan örneklerle yapılabilir. Örneğin yanağın iç yüzeyinden küçük bir fırça veya pamuklu çubukla hücre örneği alınabilir.
• Örnek alınmadan önce merkezin size verdiği talimatlara uyun.
• MedlinePlus Genetics'e göre hastalığı olan ve olmayan diğer aile bireylerinin test edilmesi bazı sonuçların netleşmesine yardımcı olabilir. NHS de bir değişiklik bulunduğunda diğer aile bireylerinin de test edilmesinin önerilebileceğini belirtir.

NHS'e göre sonuçların çıkması, testin nedenine bağlı olarak haftalar ya da aylar sürebilir. NHS ayrıca ek testler gerekebileceğini belirtir. MedlinePlus Genetics'e göre laboratuvar sonuçları yazılı olarak hekime ya da genetik danışmana, istenirse doğrudan hastaya bildirir.

Sonuçlar ne anlama gelir?

MedlinePlus Genetics ve NHS'e göre genetik test sonuçları genel olarak şu gruplarda değerlendirilir:

• Neden olan bir değişiklik bulundu: Sağlığı etkilediği bilinen bir gen değişikliği saptanmıştır. MedlinePlus Genetics'e göre bu sonuç, testin amacına bağlı olarak bir tanıyı doğrulayabilir, kişinin taşıyıcı olduğunu ya da bir hastalık riskinin arttığını gösterebilir veya ek test gerektiğine işaret edebilir. Aile bireyleri genetik malzemenin bir kısmını paylaştığı için sonuç bazı kan bağı olan akrabaları da ilgilendirebilir. Aynı kaynağa göre hekimler pozitif bir sonuca bakarak hastalığın seyrini ya da ağırlığını genellikle öngöremez.
• Değişiklik bulunmadı: Belirtileri açıklayan bir değişiklik saptanmamıştır. MedlinePlus Genetics, testin bazı değişiklikleri kaçırmış olabileceğini ve bu nedenle doğrulama gerekebileceğini belirtir.
• Önemi belirsiz varyant (VUS): Bir DNA farklılığı bulunmuş, ancak bunun sağlık üzerindeki etkisi henüz bilinmemektedir. Bu sonuç bir tanıyı ne doğrular ne de dışlar. Aile bireylerinin test edilmesi bazen bu tür sonuçların netleşmesine yardımcı olur; NHS de doktorların ileride bu tür sonuçları daha iyi anlayabileceğini belirtir.

İkincil (beklenmedik) bulgular

MedlinePlus Genetics'e göre ekzom ve genom dizilemede, aranan durumla ilgisi olmayan ve henüz tanı konmamış başka bir genetik hastalıkla ilişkili değişiklikler de saptanabilir. Bunlara ikincil ya da beklenmedik bulgular denir. NHS ayrıca, genetik testlerin aile üyelerinin genleri paylaşıp paylaşmadığını gösterebildiği için biyolojik ebeveynlik ya da evlat edinilme gibi beklenmedik bilgileri de ortaya çıkarabileceğini belirtir. Bu olasılıkların test öncesinde konuşulması önemlidir.

Sonuç çıktıktan sonra neler olur?

NHS'e göre sonuçlarınızı aldıktan sonra, bunların sizin ve aileniz için ne anlama geldiğini anlamanıza yardımcı olması için bir genetik danışmana yönlendirilebilirsiniz. NHS, genetik danışmanın şu konularda yardımcı olabileceğini belirtir:

• Testin olası sonuçları ve bunların ne anlama geldiği
• Test ailede ciddi bir hastalık olduğunu gösterirse aile bireylerinin nasıl etkilenebileceği
• Sizin ve eşinizin bir sağlık sorununu çocuklarınıza aktarma riski
• Kalıtsal hastalığı olan bir çocuğunuz varsa ve bir sonraki çocuğunuzun bu durumu kalıtmasını istemiyorsanız seçenekleriniz

Genetik danışman sizi ilgili hasta destek gruplarına da yönlendirebilir. NHS, bir gen değişikliği bulunduğunda hekimin diğer aile bireylerine de genetik test önerebileceğini belirtir. Yine NHS'e göre genetik test, kalıtsal bir hastalığın sizi, çocuğunuzu ya da başka bir aile bireyinizi etkileyip etkilemeyeceğini anlamanıza ve çocuk sahibi olup olmamaya karar vermenize yardımcı olabilir.

Sonuç negatif ya da belirsiz çıktıysa bu, arayışın sona erdiği anlamına gelmez. MedlinePlus Genetics'e göre negatif bir sonucu doğrulamak için ek test ya da daha sonraki bir tarihte yeniden test gerekebilir; NHS de ek testler gerekebileceğini belirtir.

Testin sınırlılıkları

• MedlinePlus Genetics'e göre ekzom dizileme, ekzonların dışında kalan ve genlerin çalışmasını etkileyebilen DNA değişikliklerini göremez.
• Her genetik farklılık sağlığı etkilemez; bulunan bir değişikliğin kişinin hastalığına gerçekten yol açıp açmadığını belirlemek her zaman kolay değildir.
• Bulunan pek çok değişikliğin anlamı henüz bilinmemektedir.
• Negatif sonuç, genetik bir hastalık olasılığını tamamen dışlamaz; MedlinePlus Genetics'e göre birçok test bir hastalığa yol açabilen tüm genetik değişiklikleri saptayamaz.
• MedlinePlus Genetics'e göre ekzom ve genom dizilerinin araştırılması sürdükçe yeni genetik farklılıkların hastalıklarla ilişkisi belirlenebilecek ve bu, gelecekte tanıya yardımcı olacaktır.